O Centro está estruturado en catro áreas cos seguintes obxectivos:
Área de PROCESOS OCEANOGRÁFICOS COSTEIROS
O obxectivo desta área é o coñecemento dos aspectos da oceanografía relacionados coa produción dos recursos pesqueiros e marisqueiros de Galicia. As liñas de investigación relaciónanse principalmente cos episodios de toxicidade orixinados polo fitoplancto.
Área de RECURSOS MARIÑOS
O obxectivo é coñecer a bioloxía, ecoloxía e dinámica de poboacións das especies mariñas con interese comercial para mellorar a xestión dos recursos naturais.
Área de ACUICULTURA
O seu obxectivo é desenvolver e mellorar os procedementos de cultivo das especies mariñas consideradas de interese comercial. O ámbito de investigación nesta área, agrúpase en dúas grandes liñas: cultivo de moluscos e cultivo de peixes.
Área de PATOLOXÍA
O obxectivo é estudar as alteracións patolóxicas que afectan aos moluscos bivalvos con interese comercial, para establecer estratexias eficaces de loita que permitan minimizar os efectos patoxénicos.
